[SUCCESSI] Il paziente tedesco II

Ricerca scientifica finalizzata all'eradicazione o al controllo dell'infezione.
Dora
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Re: [SUCCESSI] Il paziente tedesco II

Messaggio da Dora » sabato 11 maggio 2013, 9:36

Dora ha scritto:Fin da quando abbiamo saputo che Timothy Brown era davvero guarito, ci siamo sempre chiesti che cosa potesse in concreto significare la guarigione
Ricordate che nel giugno dell’anno scorso – durante un seminario in Spagna - i medici che hanno ora in cura Timothy Brown diffusero i primi dati approfonditi sulla sua situazione virologica, che per loro significavano che si era raggiunta la cura, ma che spinsero Lafeuillade (che non c’entrava nulla) a far uscire un comunicato stampa in cui sosteneva che Timothy non era guarito oppure si era reinfettato?
Ne parlammo a lungo da qui in poi.
Bene, due giorni fa su PLoS PATHOGENS Steven Yukl, Steven Deeks e la crème de la crème della ricerca mondiale hanno pubblicato un articolo in cui confermano quei dati e ne offrono un’interpretazione: Challenges in Detecting HIV Persistence during Potentially Curative Interventions: A Study of the Berlin Patient.

Un brevissimo riassunto della situazione:

  • • il paziente ha interrotto la ART subito dopo il trapianto e da allora non ha avuto HIV RNA rilevabile nel plasma per più di 5 anni;
    • studi fatti in precedenza avevano dimostrato che non c’era HIV RNA rilevabile nel liquido cerebrospinale;
    • non si era riusciti a trovare tracce di HIV DNA nelle PBMC, né nel midollo, né nel cervello e neppure nel colon;
    • le risposte dei linfociti T HIV-specifici sono diminuite dopo il trapianto;
    • ha perso gli anticorpi alle proteine virali Pol e Gag, ma non alla Env;
    • anche se 5,5 mesi dopo il trapianto sono state trovate nel colon delle cellule che esprimevano il CCR5, in tempi successivi non se ne sono più trovate né nel colon, né nel fegato, né nel cervello.


Nonostante l’indiscutibile successo del trapianto – scrivono Yukl e Deeks – ci sono delle ragioni teoriche che fanno pensare che l’HIV possa sopravvivere al trapianto. Fra queste:

  • • la possibile presenza, prima del trapianto, di un virus X4-tropico;
    • il rilevamento di rari macrofagi CCR5+ 5,5 mesi dopo il trapianto;
    • la possibilità di reservoir di cellule non ematopoietiche che vivono molto a lungo e che potrebbero produrre virus, anche se la capacità di questo virus di replicarsi sarebbe ridotta dal fatto che mancano cellule ematopoietiche che esprimono il CCR5.


Nella maggior parte dei pazienti in ART il livello di HIV persistente è molto basso e servono i “single copy assays” per individuare l’RNA virale nel sangue, mentre nei tessuti linfatici e nell’intestino è possibile trovare concentrazioni di virus più alte. Quindi il “Paziente Tedesco”, dopo essersi trasferito da Berlino a San Francisco nel 2011, ha accettato di sottoporsi a molte indagini difficili e invasive per permettere ai suoi medici di capire se il trapianto si è risolto in una cura sterilizzante e anche per testare la sensibilità dei loro strumenti diagnostici in una situazione limite.

La figura 1 rappresenta la storia della cura di Timothy. Segnalati in verde, gli innumerevoli prelievi fatti fra il 2011 e il 2012:

Immagine

La tabella che segue offre invece una sintesi dei risultati di tutte queste indagini, che ci dicono che non sono stati trovati né DNA, né RNA virale né nelle cellule mononucleate del sangue periferico (PBMC), né nel fluido cerebrospinale, né nei linfonodi, né nell’ileo terminale. Inoltre, non è stato possibile estrarre e coltivare in vitro del virus capace di replicazione dalle PBMC. Due laboratori hanno trovato dell’HIV RNA nel plasma e un laboratorio ha trovato dell’HIV DNA nel retto, a dei livelli molto più bassi rispetto a quelli rinvenibili nelle persone in ART soppressiva e assai vicini ai limiti di rilevazione dei test più sensibili esistenti. Non è stato possibile ottenere dei dati sulle sequenze trovate nel plasma o nell’intestino, mentre la sequenza X4 che è stata trovata nelle PBMC non corrispondeva alle sequenze di prima del trapianto.

Immagine

Il virus trovato nelle PBMC non era capace di replicazione e, mentre le risposte dei linfociti T HIV-specifici erano praticamente assenti, il livello di anticorpi anti-HIV è stato rilevabile, ma nei 18 mesi di osservazione è diminuito.

Secondo Yukl, Deeks e colleghi, questi deboli segnali di presenza del virus possono essere interpretati in due modi:

  • 1. potrebbero essere tutti e 4 dei falsi positivi, forse dovuti a un’amplificazione mediante PCR non specifica (per esempio, da retrovirus endogeni), soprattutto tenendo conto che i numeri di copie amplificate erano così vicini ai limiti dei test, oppure a una contaminazione con altri campioni, anche se dei controlli negativi sono stati fatti per tutti i campioni e sono sempre risultati negativi;
    2. oppure uno o più dei segnali potrebbero davvero essere positivi. Se l’HIV persiste a dei livelli estremamente bassi, o in foci non omogenei, il rilevamento potrebbe essere inconsistente e potrebbe dipendere dalla variabilità del campione, dal suo volume, o anche dalla sensibilità del test.


Per poter verificare la persistenza dell’HIV è necessario poter confermare le sequenze. Ma questo non è stato possibile. In ogni caso, nonostante i segnali della PCR, non è stato possibile coltivare dalle cellule prelevate alcun virus capace di replicazione.
Se uno o più segnali della PCR indicano dei veri positivi, ci si può chiedere perché l’HIV non sia stato trovato prima e perché adesso lo si ritrovi in modo intermittente. È possibile che persista a dei livelli così bassi da renderlo non rilevabile attraverso i campioni? Oppure che ci sia ancora in giro del virus X4-tropico? Questa ipotesi, tuttavia, si scontra con il fatto che la grande maggioranza delle trasmissioni avviene per mezzo di uno o pochi virioni che usano il CCR5, mentre l’infezione delle persone con omozigosi CCR5Δ32 è estremamente rara. Inoltre, ci si può aspettare che la trasmissione di un virus X4 comporti una robusta replicazione, che però non c’è stata.
Se l’HIV persiste, perché non si è diffuso? E dove persiste? È difettivo o comunque incapace di prevalere sulle reazioni immuni?

Il fatto, tuttavia, che i livelli di risposte dei linfociti T HIV-specifici fossero bassissimi, che gli anticorpi anti-HIV fossero bassi e in continua diminuzione e che ci sia stata una parziale sieroreversione (con western blot indeterminato) - tutto suggerisce che il livello degli antigeni dell’HIV sia da bassissimo a inesistente.

Quindi, dati tutti questi segnali negativi, si può pensare che i segnali positivi siano dei falsi positivi.


I livelli residuali di anticorpi e di linfociti T HIV-specifici erano sensibilmente più bassi rispetto a quelli che si riscontrano in persone da molti anni in ART soppressiva. A rendere però più complessa l’interpretazione di questi dati c’è il fatto che la procedura del trapianto ha causato la perdita dei linfociti T e B originari. Nelle persone HIV-negative che si sottopongono a trapianto allogenico di staminali, gli anticorpi sierici al tetano decadono a tassi variabili, ma rimangono rilevabili anche per più di un anno nella metà dei pazienti. D’altra parte, i livelli di anticorpi contro altre infezioni sono rimasti stabili nel “Paziente Tedesco” per più di 9 mesi dopo il trapianto.

Sulla base di tutte queste considerazioni, Yukl, Deeks e colleghi ritengono che LA MISURA DELLE RISPOSTE IMMUNI HIV-SPECIFICHE POSSA COSTITUIRE UNO STRUMENTO SENSIBILE E ACCURATO PER DIAGNOSTICARE L’AVVENUTA CURA.

Nonostante la possibilità di trovare dei livelli bassissimi e intermittenti di HIV, il “Paziente Tedesco” vive senza ART da più di 5 anni, non ha una viremia rilevabile mediante i test standard, sta perdendo gli anticorpi anti-HIV e non dà prove di una progressione immunologica HIV-correlata. Soddisfa pertanto qualsiasi definizione clinica di remissione a lungo termine e forse si può anche pensare che il virus sia stato eradicato [NdD: è la prima volta che qualcuno dei suoi medici osa parlare di eradicazione per Timothy! Immagine].

Concludono Yukl e Deeks:

  • Dal momento che tutti i test possono dare dei risultati falso-positivi e che noi non siamo riusciti a dare una conferma della sequenza, noi non possiamo documentare in modo inconfutabile la persistenza dell’HIV e quindi ne concludiamo che la cura sia stata raggiunta. L’incapacità di dimostrare un negativo non è inattesa e probabilmente si dimostrerà un problema negli studi e negli interventi di cura futuri. Problemi simili stanno emergendo nel rilevare la persistenza in altri settori, compresi i trapianti di staminali post-allogenici e i bambini potenzialmente curati.
    Una priorità fondamentale è lo sviluppo di solidi test, ben validati, capaci di rilevare facilmente livelli bassissimi di virus.
    Gli studi futuri sull’eradicazione richiederanno, in definitiva, un’interruzione della terapia e un lungo periodo di osservazione come gold standard per definire il risultato un successo.



Boyz84
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Re: [SUCCESSI] Il paziente tedesco II

Messaggio da Boyz84 » sabato 11 maggio 2013, 11:21

questo ci fa ben sperare ed è anche motivo per la ricerca di andare avanti verso una cura... che a questo punto, risulta possibile :)
mezzo sorriso per cominciare...
spero presto si possa arrivare a questo :D



nordsud
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Re: [SUCCESSI] Il paziente tedesco II

Messaggio da nordsud » domenica 12 maggio 2013, 7:52

Quindi, dati tutti questi segnali negativi, si può pensare che i segnali positivi siano dei falsi positivi
Prima scrivono quanto sopra


E dopo scrivono quanto sotto.
Nonostante la possibilità di trovare dei livelli bassissimi e intermittenti di HIV, il “Paziente Tedesco” vive senza ART da più di 5 anni, non ha una viremia rilevabile mediante i test standard,

Sembrano dei politici più che dei "scienziati". Per questi sapientoni l'evidenza non conta niente. Ovviamente non hanno affrontato la questione del virus tropico X4. Ma si che importa ormai, non c'è più traccia di virus, tropico o meno che sia.



skydrake
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Re: [SUCCESSI] Il paziente tedesco II

Messaggio da skydrake » domenica 12 maggio 2013, 9:30

nordsud ha scritto:Sembrano dei politici più che dei "scienziati". Per questi sapientoni l'evidenza non conta niente. Ovviamente non hanno affrontato la questione del virus tropico X4. Ma si che importa ormai, non c'è più traccia di virus, tropico o meno che sia.
Che vuoi, si trastullano con l'unico pienamente eradicato che sono mai riusciti ad ottenere. Ma temo che in Timothy ci sia ancora ben poco da scovare. Questo "esperimento scientifico" sarà eccezionale quanto vuoi, ma manca un un dettaglio niente affatto trascurabile: la REPLICABILITÀ'. Solo concentrandosi su pazienti nella condizione di Timothy 6 anni fa potranno veramente chiarire cosa é successo in Timothy stesso, se la eradicazione é da imputare alla graft o ad altro.



nordsud
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Re: [SUCCESSI] Il paziente tedesco II

Messaggio da nordsud » domenica 12 maggio 2013, 10:00

http://www.thebody.com/content/71165/a- ... ml?ic=2005

Che storia interessante: Un hiv+ che sembra non avere l'hiv...

I didn't even really understand the significance of an undetectable viral load, because when those topics were being broached to me, I'd been diagnosed maybe six months earlier, I had suffered a stroke, and recovering as much as I could from being partially paralyzed as a result of that stroke was foremost in my head; I had no idea what the numbers meant. I had also been diagnosed with chronic hepatitis B, and I had never gone on treatment for that, and I wasn't on therapy for my HIV yet.

Eight months after I was diagnosed with HIV, my gastroenterologist that was taking care of my liver issues did some blood work, and my HIV viral load was undetectable without any medication. I didn't realize that that was anything significant or insignificant at the time, until maybe eight or 10 years later when my GI doctor mentioned it to me. I went on a regimen of Epivir (lamivudine -- also used to treat HIV, in different combinations with a higher dose) and Hepsera (adefovir) for my hepatitis B, which since I've been on it has been undetectable as well. Except for one blip, my HIV viral load has been undetectable.

Recently, my GI doctor, who's the same one who saw me initially, brought up that I was undetectable before I went on any regimen. My infectious disease doctor had always thought that my HIV was responding to the low dose given for my hepatitis -- which may be true that it's remained suppressed because of that, but I don't know if she was aware that my HIV had been suppressed before I ever went on the hepatitis medication.



Dora
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Re: [SUCCESSI] Il paziente tedesco II

Messaggio da Dora » domenica 12 maggio 2013, 10:55

skydrake ha scritto:
nordsud ha scritto:Sembrano dei politici più che dei "scienziati". Per questi sapientoni l'evidenza non conta niente. Ovviamente non hanno affrontato la questione del virus tropico X4. Ma si che importa ormai, non c'è più traccia di virus, tropico o meno che sia.
Che vuoi, si trastullano con l'unico pienamente eradicato che sono mai riusciti ad ottenere. Ma temo che in Timothy ci sia ancora ben poco da scovare. Questo "esperimento scientifico" sarà eccezionale quanto vuoi, ma manca un un dettaglio niente affatto trascurabile: la REPLICABILITÀ'. Solo concentrandosi su pazienti nella condizione di Timothy 6 anni fa potranno veramente chiarire cosa é successo in Timothy stesso, se la eradicazione é da imputare alla graft o ad altro.
Per come la vedo io, il senso di questo lavoro è duplice e in entrambi i casi teorico, se non proprio accademico:
  • - da un lato, vedere fino a dove si spingono i limiti degli strumenti di misurazione. E questo sant'uomo di Timothy è l'unico essere al mondo che possa fornire il proprio sangue e la propria carne;

    - dall'altro, arrivare a dare una definizione di "cura dell'infezione da HIV". In questo caso, Timothy fornisce non l'unico, ma il migliore test case, perché è un caso limite a fronte di qualche altro caso più ambiguo di lui.


Per prendere un'infezione che conosciamo: la cura dell'infezione da HCV viene definita come "risposta virologica sostenuta a 6 mesi". Se a 6 mesi dalla fine della terapia l'HCV RNA nel sangue continua ad essere irrilevabile (< 12 copie/mL - era il limite l'anno scorso, adesso non so), si ritiene il paziente "guarito". Questo lo si può fare perché - statisticamente - i casi di relapse dopo 6 mesi sono pochissimi e perché si sa che l'HCV non forma reservoir di virus latente.

Ovviamente, per l'HIV le cose sono diverse, proprio perché il virus crea reservoir. Ma io credo che questi ricercatori - che sono il meglio che la ricerca mondiale offra al momento - stiano cercando di portarsi avanti in modo, quando i trial sull'eradicazione saranno qualcosa di più serio rispetto alle proof of concept che stiamo vedendo adesso, da avere le idee chiare su che cosa sia una guarigione possibile (non solo clinica, dunque, per la quale il controllo del virus senza farmaci può essere sufficiente).

Quando un paziente con HCV fa il controllo a 6 mesi dalla fine della terapia e l'HCV RNA è ancora irrilevabile, i suoi medici gli dicono: "sei guarito - mettiti in testa che non sei più infettivo e il virus non tornerà più".

Che cosa diranno i medici ai loro pazienti con HIV? Dopo quanto tempo di HIV RNA irrilevabile nel sangue potranno dire loro "sei guarito"? In base a quali criteri potranno farlo?

Io penso che queste siano le domande cui il lavoro di Yukl, Deeks e Siliciano (due, pure la Janet), Hütter e tutti gli altri cerca di cominciare a dare una risposta.

E l'inizio di questa risposta è: la perdita di anticorpi.



skydrake
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[SUCCESSI] Il paziente tedesco II

Messaggio da skydrake » domenica 12 maggio 2013, 11:35

Tuttavia il grande entusiasmo sorto attorno a Timothy Brown non consta nella possibilità di raggiungere gli obbiettivi minori, come testare i test. La grande speranza che ha dato inizialmente Timothy é che fosse raggiungibile l'obiettivo primario di tutta la ricerca attorno l'HIV, ossia la sua eradicazione. Obiettivo che sembra a mano mano svanire, o perlomeno limitato ad un numero sempre più ristretto di pazienti, prima solo quelli disposti a farsi ablare il proprio midollo, poi solo quelli che riceveranno un midollo delta-32 omozigote, con conseguente innesco della graft per eliminare i linfociti e reservoirs infetti residui (quindi no autotrapianto), poi solo CCR5-delta eterozigoti ecc.

Mi chiedo se emergeranno altre condizioni vincolanti alla riuscita dell'eradicazione. Nel frattempo, dalla conferma o meno delle condizioni elencate prima, dipendono praticamente tutte le ricerche geniche più avanzate, dalla Cannon a Sangamo.



Dora
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Re: [SUCCESSI] Il paziente tedesco II

Messaggio da Dora » domenica 12 maggio 2013, 21:14

skydrake ha scritto:Tuttavia il grande entusiasmo sorto attorno a Timothy Brown non consta nella possibilità di raggiungere gli obbiettivi minori, come testare i test. La grande speranza che ha dato inizialmente Timothy é che fosse raggiungibile l'obiettivo primario di tutta la ricerca attorno l'HIV, ossia la sua eradicazione. Obiettivo che sembra a mano mano svanire, o perlomeno limitato ad un numero sempre più ristretto di pazienti, prima solo quelli disposti a farsi ablare il proprio midollo, poi solo quelli che riceveranno un midollo delta-32 omozigote, con conseguente innesco della graft per eliminare i linfociti e reservoirs infetti residui (quindi no autotrapianto), poi solo CCR5-delta eterozigoti ecc.

Mi chiedo se emergeranno altre condizioni vincolanti alla riuscita dell'eradicazione. Nel frattempo, dalla conferma o meno delle condizioni elencate prima, dipendono praticamente tutte le ricerche geniche più avanzate, dalla Cannon a Sangamo.
Hai ragione, la grande speranza aperta dal successo di Timothy Brown sembra segnare il passo. Aspettare gli sviluppi di tecniche come quelle di Sangamo è sfinente e sembra che molti ricercatori giochino al ribasso.
Ma ... parlando di Timothy ed esclusivamente di lui (e questo è l'argomento principale di questo thread), tutto quello che si può fare è continuare a "martirizzarlo", prelevandogli sangue e pezzettini di carne e mettendo alla prova i limiti dei test.
Capire fino a dove i test possano arrivare e quale possa essere una definizione accettabile di cura può sembrare una specie di giochino per accademici annoiati. Ma non è così: quando i trial sull'eradicazione saranno una cosa seria - speriamo presto - avere dei test affidabili e sapere quando ci si potrà fermare saranno aspetti fondamentali della cura.



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Re: [SUCCESSI] Il paziente tedesco II

Messaggio da Dora » giovedì 13 giugno 2013, 10:50

Immagine

Dei tre Martin Delaney Collaboratories, uno è Defeat HIV: finanziato dagli NIH, ha base al Fred Hutchinson Cancer Research Center e si occupa sostanzialmente di ingegneria genetica (ha infatti, fra i suoi partner, Sangamo e City of Hope).
Martedì prossimo, 18 giugno, (*) si terrà al Fred Hutchinson Cancer Research Center un incontro - “HIV Cure Research in Seattle – the Underlying Science and Clinical Studies” - cui parteciperà anche Timothy Brown e in cui si discuterà della ricerca di base e clinica che si svolge a Seattle per arrivare a una cura dell'HIV.

Il programma è molto denso e lo potete trovare qui: HIV Cure Research in Seattle – the Underlying Science and Clinical Studies.
Per esempio, Hans-Peter Kiem parlerà di come Timothy Brown sia stato curato da un trapianto di staminali e anche delle terapie geniche dell'HIV/AIDS; altri parleranno di endonucleasi, di nucleasi ibride che permettono una distruzione efficace del CCR5 nei linfociti T, di come il trapianto di staminali ematopoietiche possa costituire una piattaforma per distruggere il reservoir latente di HIV, dell'immunomodulazione come integrazione nelle terapie che aspirano a curare l'infezione.

Ho ritenuto utile segnalarlo, perché chi non avrà la fortuna di essere a Seattle la settimana prossima potrà assistere a questo incontro in streaming.



È stata creata anche una pagina facebook: From One to Many: The Cure Agenda for HIV/AIDS at Fred Hutch.
(*) su FB si dice che l'incontro è spostato a Mercoledì 19 giugno 2013, 18.00 - 20.30 in PDT.

Questo video è ovviamente uno spot, ma è tutto quanto sono riuscita a trovare:

https://www.youtube.com/watch?v=lASLpZPu-k0&feature=youtu.be



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Re: [SUCCESSI] Il paziente tedesco II

Messaggio da Dora » martedì 18 giugno 2013, 10:49

‘I don’t want to be only person cured of HIV’

Questo titolo non è un refuso del solito titolo che siamo abituati a leggere (The only person cured of HIV), ma indica la trasformazione di Timothy Brown da "Paziente tedesco" ad attivista, sempre più impegnato nella sua fondazione per la ricerca di una cura.
Dall'articolo sul Seattle Times si apprende anche qualche particolare inquietante su quali furono i problemi neurologici vissuti da Timothy dopo il secondo trapianto, si conferma che il Piccolo Ninja che ha affrontato il trapianto lo scorso aprile - anche se è troppo presto per sapere se è guarito dall'HIV e dalla leucemia - è però comunque ancora vivo e si racconta qualche particolare sulla ricerca di Keith Jerome all'Hutchinson. Questa è la parte dell'articolo riportata qui sotto:



Jerome and his colleagues hope to develop a streamlined version of Brown’s cure. “The long-term goal is to make this simple enough that it doesn’t require hospitalization,” Jerome said.

With a $20 million grant from the National Institutes of Health (NIH), the Hutch scientists are tweaking patients’ own stem cells to make them resistant to HIV.

To do that, they use special enzymes developed by California-based Sangamo BioSciences to induce artificial mutations that mimic those in people who are naturally immune to the virus.

“It’s an engineering tour de force,” Jerome said. “In some ways, it seems like science fiction that we can actually modify a spot in the genome and leave everything else alone.”

The treated stem cells would then be infused back into the patient, where the hope is they would proliferate and replace the patient’s HIV-plagued immune system.

The research is still in an early stage, but the scientists hope to start clinical trials soon.

In a sign of the growing optimism about a cure, two other labs also received major NIH grants at the same time as the Hutch. Scientists at the University of California, San Francisco, are working to rev up patients’ immune systems to fight the virus. At the University of North Carolina, the focus is on drugs that will roust out hidden pockets of infection.

Other scientists think early, aggressive treatment of HIV might be able to eliminate the virus. That’s what happened with a baby in Mississippi who was born infected. Doctors immediately administered high doses of drugs. More than two years later, the child seems to be HIV-free.



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