[SUCCESSI] Il paziente tedesco II

[Dora]

Jon Cohen su Science raccoglie le dichiarazioni di alcuni degli scienziati che hanno partecipato alla ricerca, che bastonano Lafeuillade:

Evidence That Man Cured of HIV Harbors Viral Remnants Triggers Confusion

(...) new research presented on 8 June at the International Workshop on HIV & Hepatitis Virus "challenge[s] these results," asserts Alain Lafeuillade of the General Hospital in Toulon, France, a well known HIV/AIDS cure researcher. Lafeuillade issued a press release, "The So Called HIV Cured 'Berlin' Patient Still Has Detectable HIV in His Body," that questions whether Brown was reinfected and may still be infectious to other people. Lafeuillade also posted a blog item, "The Weird Story of the Berlin Patient," raising similar questions.

The scientists who conducted the new study strongly object to Lafeuillade's interpretation of their results. "We weren't trying to say HIV was still there or he hadn't been cured," says virologist Steven Yukl of the University of California, San Francisco, who gave the talk.

Yukl, who works in Joseph Wong's lab, highlighted the difficulties that they and several labs they collaborated with have had determining if Brown truly had eradicated the virus from his body. "There are some signals of the virus and we don't know if they are real or contamination, and, at this point, we can't say for sure whether there's been complete eradication of HIV," says Yukl. "The point of the presentation was to raise the question of how do we define a cure and, at this level of detection, how do we know the signal is real?" [NdD: questioni più filosofiche di questa, io non ne conosco.]

Using sensitive polymerase chain reaction (PCR) tests to scour through 9 billion of Brown's blood cells, Yukl and two other labs have found bits of viral RNA in his plasma. Although Yukl and others who plucked out positive signals believe they are real signs of HIV, Douglas Richman of the University of California, San Diego, another collaborator, found nothing and suspects his colleagues have found contaminants. "If you do enough cycles of PCR, you can get a signal in water for pink elephants," says Richman. Another lab also found HIV antibodies in Brown, though levels were low and declining.

Tae-Wook Chun, of the National Institute of Allergy and Infectious Diseases in Bethesda, Maryland, is one of the collaborators who found positive signals for HIV, but he stresses that no one isolated virus that could copy itself, and suggests Brown may simply harbor harmless, defective genetic pieces of the virus. "We're pushing the limits of detection," says Chun. "At the end of the day it's clear to us that he has some pretty low residual viremia. I don't really know what to make out of it, other than he's controlling viral replication or he doesn't have HIV that can restart the infection. It's a difficult case to talk about."

Ideally, the researchers would have shown that the viral pieces they found matched the virus that was previously in Brown. But no such evidence exists. Chun and another collaborator, Robert Siliciano of the Johns Hopkins University School of Medicine in Baltimore, Maryland, did sequence bits of virus they recovered, but the genetic codes did not match each other—or the virus found in Brown before his transplant. Yukl notes that unlike his own studies, these experiments cloned the virus and ran repeated PCRs. "There's a huge potential for contamination," Yukl says, stressing that would not invalidate his findings of a signal.

To Lafeuillade, the mismatched sequences suggested that Brown may have cleared the virus and then become reinfected. He also wondered why Brown still had any antibodies to the virus at all. "I am just asking scientific questions that nobody seems to be able/or to want to ask," says Lafeuillade in an e-mail.

Richman, who chaired the session at the meeting that included Yukl's talk, says Lafeuillade "completely misinterpreted" a thoughtful presentation and subsequent discussion—and that it in no way challenges whether Brown is cured. "[Brown's] been off ARVs for 5 years," says Richman. "That trumps all these assays."

[nordsud]

, Douglas Richman of the University of California, San Diego, another collaborator, found nothing and suspects his colleagues have found contaminants. "If you do enough cycles of PCR, you can get a signal in water for pink elephants," says Richman. Another lab also found HIV antibodies in Brown, though levels were low and declining.

Con questa dichiarazione il sig Richman ha dato una legnata sui denti a coloro che vogliono spaccare il capello in 4. Praticamente se si fanno tanti cicli di PCR si può ottenere qualsiasi cosa.

"There's a huge potential for contamination

Sta diventando una spy-story tutta questa faccenda. Ma siamo sicuri che esista veramente il sig Brown? Scherzo.. ma anche Brown serve per tener vivo tutto il "suspense" che aleggia intorno a questo virus. Mi domando invece se ha ancora voglia di consegnare pezzetti dei suoi tessuti e gocce del suo sangue a 4 accademici in cerca di pubblicità.

. "[Brown's] been off ARVs for 5 years," says Richman. "That trumps all these assays."

E questa evidente constatazione sancisce defintivamente che la clinica è più importante del millesimo ciclo di PCR. ( si possono fermanre a 5 o 10 o 50 al massimo .. spingersi oltre è accademia che non ha senso se dai risultati del millesimo ciclo di PCR uno può vedere quello che gli "pare" )

[Dora]

. "[Brown's] been off ARVs for 5 years," says Richman. "That trumps all these assays."

E questa evidente constatazione sancisce defintivamente che la clinica è più importante del millesimo ciclo di PCR. ( si possono fermanre a 5 o 10 o 50 al massimo .. spingersi oltre è accademia che non ha senso se dai risultati del millesimo ciclo di PCR uno può vedere quello che gli "pare" )

Sì, credo anch'io che, alla fine, quel che conta per il singolo paziente sia la clinica e il fatto che da ormai molti anni questo singolo paziente viva senza antiretrovirali.
Tuttavia, capire quel che è accaduto nel suo caso, fino a dove è accaduto, come e in quali altri casi potrebbe essere replicabile, se e in quali condizioni possa essere replicabile attraverso strade meno faticose ... tutte queste e molte altre domande, se gli scienziati non se le ponessero sarebbero dei pazzi o degli incompetenti.
E la ricerca si fermerebbe al caso aneddotico, tanto bello, perfino "colorato", ma in fondo inutile, senza capire se sia stato solo una botta di fortuna.

Se Timothy è disposto a farsi analizzare (vorrei che notaste che è stato sottoposto a 30 [TRENTA] biopsie!!), mi pare il minimo che i ricercatori migliori sulla piazza (e sono tutti lì, c'è pure il laboratorio di Sarah Palmer, che non firma nemmeno l'abstract) lo "usino" per capire il limite dei loro strumenti, siano essi diagnostici o concettuali. Altro che bassa filosofia o masturbazioni mentali!

[Dora]

Ieri pomeriggio, all'ICAR, Gero Hütter ha tenuto una lezione intitolata Transplantation of CCR5 deficient stem cells.
Alcune delle diapositive raccontano una storia che conosciamo bene. Altre invece, quelle che seguono, ci danno qualche particolare in più.

Questa slide pone una questione - quella su che cosa davvero possa significare "guarire dall'HIV" - che mi pareva essere una delle domande cui cercava di rispondere il lavoro di Yukl di cui abbiamo parlato in questi giorni (e in effetti era così, a leggere le dichiarazioni di Yukl stesso e degli altri rilasciate ieri a Jon Cohen per Science):



La domanda, dunque, non è accademica: Timothy Brown è guarito oppure no? I medici che lo stanno seguendo ritengono di sì, che di guarigione clinica si possa parlare, anche se non è ancora possibile dire in modo definitivo che l'HIV è stato eradicato.

Interpolo la lezione di Hütter con una slide della bellissima presentazione fatta - sempre all'ICAR - dal professor Perno (AIDS: una malattia cronica causata da un virus eradicabile?), perché propone una tabellina dei risultati che Yukl ha portato a Sitges la settimana scorsa:




Ritorniamo a Hütter. Come si fa a calcolare la viremia di un virus che forse non c'è più e che - se ancora c'è - è così poco e danneggiato da lasciare solo qualche minima traccia? Ecco la ragione delle "ambiguità" del lavoro di Yukl e colleghi: i test disponibili, sempre più e più sofisticati, vengono utilizzati quasi oltre il loro limite. Questo è quel che ha trovato Chun:



Quel che Hütter ritiene di avere imparato dal successo con Timothy Brown:

• - il virus è rimasto nel sangue periferico per un breve periodo;
  - nei reservoir il virus può restare a lungo, ma senza replicarsi;
  - nonostante una forte pressione selettiva, quel circa 3% di virus -X4 che era presente prima del trapianto non è riuscito a riemergere;
  - se non c'è replicazione, è probabile che il reservoir in 2 anni si svuoti;
  - gli anticorpi anti-HIV sono solo contro gli antigeni di superficie (analogia con l'HBV);
  - il CCR5 serve non solo per la trasmissione, ma anche per la permanenza dell'HIV

È un successo che può essere replicato? Eravamo fermi a due anni fa, alla "bambina di Heidelberg". Deve essere andata male, perché nessuno la nomina più.
Ma Hütter ha due belle notizie (non so se una di queste sia il paziente olandese che ha ricevuto poche settimane fa un trapianto di staminali dal cordone, ma almeno due - forse 3 - trapianti con staminali difettive sono "in corso"):



La lezione prosegue con la storia dei CD4 e delle staminali modificati da Sangamo. La conosciamo bene, quindi passo direttamente a David Baltimore e all'approccio di Calimmune:



Un'altra bella notizia è che pare che l'FDA approverà entro quest'anno la distruzione del CCR5 sulle staminali, secondo il "metodo Baltimore":



In conclusione, le domande che, a parere di Hütter, restano ancora senza risposta:

• - è meglio modificare i CD4 o le staminali
  - qual è il momento migliore per intervenire
  - è sufficiente distruggere il CCR5
  - quale tecnica funziona meglio

[nordsud]

Nel tuo allegato del professor Perno c'è una tabella con la vita della cellule che possono essere infettate, tra queste ci sono le microglia che vivono per sempre.
Il sig. Brown ha subito il trapiando e la radioterapia, però tutti noi sappiamo che nè la chemio nè la radioterapia possono far fuori tutte le cellule del sistema immunitario ( tutte ma proprio tutte non il 99.99 % ) dunque se hanno trovato cellule nel retto ( che non vivono certamente tutta la vita.. anzi pochi giorni o settimane ) HIV DNA infette, perchè non sono riusciti a trovare cellule microglia con HIV ?
C'è qualcosa che non mi torna in quelle cellule rettali HIV DNA infette caratterizzate da una vita brevissima rispetto alle cellule del sistema immunitario quando non hanno trovato traccia HIV DNA in nessun altro tessuto o sangue esaminato.

[Dora]

Nel tuo allegato del professor Perno c'è una tabella con la vita della cellule che possono essere infettate, tra queste ci sono le microglia che vivono per sempre.
Il sig. Brown ha subito il trapiando e la radioterapia, però tutti noi sappiamo che nè la chemio nè la radioterapia possono far fuori tutte le cellule del sistema immunitario ( tutte ma proprio tutte non il 99.99 % ) dunque se hanno trovato cellule nel retto ( che non vivono certamente tutta la vita.. anzi pochi giorni o settimane ) HIV DNA infette, perchè non sono riusciti a trovare cellule microglia con HIV ?
C'è qualcosa che non mi torna in quelle cellule rettali HIV DNA infette caratterizzate da una vita brevissima rispetto alle cellule del sistema immunitario quando non hanno trovato traccia HIV DNA in nessun altro tessuto o sangue esaminato.

Dalla tabella che hai citato si vede che le possibili dimensioni in vivo del reservoir delle microglia non sono note/quantificabili. Questo credo che sia soprattutto per due ragioni:
• perché tagliuzzare il cervello di persone vive non è etico;
• perché non si possono fare troppi prelievi lombari di liquido cerebrospinale.

Il reservoir nel cervello, che in questi ultimissimi tempi viene studiato molto più che in passato, è dunque ancora abbastanza misterioso (mi pare che gli astrociti siano stati confermati come reservoir non più che un paio di anni fa, per dire). Però – se non sbaglio – si ritiene che sia di per sé molto limitato e che la HAART lo limiti ancora di più.

Quello che io so è che a Timothy Brown sono state fatte delle biopsie cerebrali (mi pare due, ma non ci giurerei) quando ha avuto problemi neurologici dopo il trapianto e che, in quella occasione, di virus non se ne è trovato. Tieni conto che la Total Body Irradiation fatta come parte del condizionamento pre-trapianto ci arriva - eccome! - al cervello.
Inoltre, dal bel report regalatoci da Jules Levin, si vede che più di recente gli è stata fatta una rachicentesi e che sia il liquido cerebrospinale, sia le cellule ivi circolanti sono risultati puliti.

Si può sostenere che il cervello di Timothy Brown è totalmente e definitivamente libero da ogni residuo di HIV? Ovviamente no, per la semplice ragione che nessuno può indagare così a fondo un organo come il cervello vivo.
D’altra parte, chi lo sta studiando ammette che, data la natura del trapianto, è teoricamente possibile che del virus continui ad esistere in qualche popolazione cellulare diversa dai linfociti T. Sta di fatto, però, che nel liquido cerebrospinale e nelle biopsie fatte a Berlino non se ne è trovato.

Veniamo al DNA apparentemente rintracciato nel retto, che ha spinto Lafeuillade a vaneggiare di reinfezione: UN UNICO laboratorio su 6 ha individuato dell’HIV DNA nei campioni di cellule rettali.

Yukl e colleghi avanzano due ipotesi, che affermano di voler approfondire:
• falsa positività dovuta a contaminazione dei campioni;
• oppure maggior persistenza del DNA virale nei tessuti rispetto alle cellule (è per questo che l'altro giorno dicevo che mi sarebbe interessato sapere se avevano prelevato anche dei linfonodi).

A me non sembra che ci sia della malafede in queste ipotesi, che stiano cercando di nascondere qualcosa o che si stiano anche solo arrampicando sugli specchi. Vogliono continuare a studiare. Fanno delle ipotesi e vogliono corroborarle.
Io non so che altro dire, se non: aspettiamo e vediamo che ne esce, senza farci condizionare dalle sparate di un Lafeuillade.

[Leon]

. "[Brown's] been off ARVs for 5 years," says Richman. "That trumps all these assays."

E questa evidente constatazione sancisce defintivamente che la clinica è più importante del millesimo ciclo di PCR. ( si possono fermanre a 5 o 10 o 50 al massimo .. spingersi oltre è accademia che non ha senso se dai risultati del millesimo ciclo di PCR uno può vedere quello che gli "pare" )

Sì, credo anch'io che, alla fine, quel che conta per il singolo paziente sia la clinica e il fatto che da ormai molti anni questo singolo paziente viva senza antiretrovirali.
Tuttavia, capire quel che è accaduto nel suo caso, fino a dove è accaduto, come e in quali altri casi potrebbe essere replicabile, se e in quali condizioni possa essere replicabile attraverso strade meno faticose ... tutte queste e molte altre domande, se gli scienziati non se le ponessero sarebbero dei pazzi o degli incompetenti.
E la ricerca si fermerebbe al caso aneddotico, tanto bello, perfino "colorato", ma in fondo inutile, senza capire se sia stato solo una botta di fortuna.

Se Timothy è disposto a farsi analizzare (vorrei che notaste che è stato sottoposto a 30 [TRENTA] biopsie!!), mi pare il minimo che i ricercatori migliori sulla piazza (e sono tutti lì, c'è pure il laboratorio di Sarah Palmer, che non firma nemmeno l'abstract) lo "usino" per capire il limite dei loro strumenti, siano essi diagnostici o concettuali. Altro che bassa filosofia o masturbazioni mentali!

Mi spiace, Dora, ma concordo con Nordsud (messaggio integrale, intendo) dalla a alla zeta. E questo non solo perché la PCR è una metodica tanto geniale e potente quanto "pericolosa" se applicata con troppa "disinvoltura", ma soprattutto perché PROPRIO IN QUESTO MOMENTO, quando una seconda "i" - quella del "paziente olandese" - è già stata tracciata e una terza - quella del "paziente spagnolo" - è in procinto di esserlo (e credo/spero che, essendoci stavolta un precedente, in entrambi i casi le osservazioni pre/durante/post saranno state pianificate e verranno eseguite più che a regola d'arte), concentrarsi troppo (se non addirittura scannarsi!) sul puntino da mettere sulla "i" di Brown (*), caso quantomai pionieristico e "artigianale", non ha veramente alcun senso ed è una sega mentale bella e buona.


(*) ...Specie quando, mentre ci si ostina a voler mettere tale puntino, si incappa in "piccolezze" tipo "one of the two sequences exhibits near perfect homology to a common lab strain" ( http://hivforum.info/forum/viewtopic.php?p=18074#p18074 )!!!
A questo proposito, oltre a rivolgere il solito, immenso ringraziamento ideale all'inarrestabile Jules Levin, vorrei sottolineare ancora una volta la follia (almeno apparente) di aver dato in pasto alle belve un lavoro di questa complessità e delicatezza col metodo-escort (edit automatico) di abstract+slides+poster (che, come quasi sempre, non stanno insieme), invece di pubblicare un articolo come Dio comanda. Non so che cos'abbia dettato questa scelta infelicissima; forse una dannata fretta, vista la sorpresa delle due repliche dell'esperimento, che, in ogni caso (tranne - facendo le corna - morte prematura del paziente per la sua patologia oncoematologica piuttosto che a causa del trapianto), conteranno mille volte di più di tutte queste spaccature di capello?

[Dora]

Mi spiace, Dora, ma concordo con Nordsud

Ti spiace dissentire da me?!
Va bene, Leon, facciamocene una ragione che possiamo anche vedere qualcosa in modo diverso (non esageriamo, però!! ).

Io resto dell'idea che perdere l'occasione di testare i propri strumenti su un caso così nuovo e così al limite sarebbe un peccato, se non proprio un delitto. E che capire bene che cosa è accaduto a Timothy serva come pietra di paragone per il secondo paziente tedesco e per il paziente olandese e per quello spagnolo che sta per arrivare.
Ma accetto che per te siano inutili ubbìe.

vorrei sottolineare ancora una volta la follia (almeno apparente) di aver dato in pasto alle belve un lavoro di questa complessità e delicatezza col metodo-escort (edit automatico) di abstract+slides+poster (che, come quasi sempre, non stanno insieme), invece di pubblicare un articolo come Dio comanda. Non so che cos'abbia dettato questa scelta infelicissima; forse una dannata fretta, vista la sorpresa delle due repliche dell'esperimento, che, in ogni caso (tranne - facendo le corna - morte prematura del paziente per la sua patologia oncoematologica piuttosto che a causa del trapianto), conteranno mille volte di più di tutte queste spaccature di capello?

Non sono nella testa di Yukl & co. e credo anch'io che sarebbe stato saggio mantenere l'estrema prudenza che ha caratterizzato le ultime due sortite di Hütter.
Tanto più, poi, perché ci si è messo quell'irresponsabile a sproloquiare addirittura con comunicati stampa su una questione che era di una delicatezza estrema e che, così come ci è stata raccontata, si presta a qualche ambiguità; quindi ci si poteva ben aspettare che, se non Lafeuillade per qualche sua ragione, chiunque altro presente al seminario a Sitges avrebbe potuto fraintendere o non capire o volutamente cercare di creare il caso dell'estate.
Tuttavia, quante volte vengono presentati dei risultati preliminari a dei congressini o seminarietti? Serve proprio per sottoporli alla critica dei colleghi e, se è il caso, apportare cambiamenti durante la corsa.
E che cosa sappiamo che un articolo non stia per uscire?

[Leon]

E che cosa sappiamo che un articolo non stia per uscire?

Sono abbastanza convinto che uscirà (e comunque, rispetto a quell'abortaccio di abstract che ha scatenato l'offensiva di Çaçaçaça, già abbiamo fatto enormi passi avanti in pochissimi giorni). Resta il fatto che averlo anticipato nel modo in cui l'hanno anticipato è stata una cagata gigante.

[Leon]

Sono reduce da un piccolo esperimento: ieri sera ho preso un campione di acqua del rubinetto, l'ho messo nella mia macchinetta domestica per la PCR, l'ho fatta andare tutta notte a manetta e stamattina ho trovato il seguente referto:



Qualcuno è in grado di interpretarmelo? Grazie!