CRISPR/Cas9: distruggere il gene CCR5 o l’HIV DNA integrato

Ricerca scientifica finalizzata all'eradicazione o al controllo dell'infezione.
Mr_T
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Re: CRISPR/Cas9: distruggere il gene CCR5 o l’HIV DNA integr

Messaggio da Mr_T » domenica 18 giugno 2017, 10:03

se posso permettermi vorrei consigliare di non fissarci sulle "date".
stiamo parlando di ricerca e tutto è caratterizzato da infinite variabili.
se una cura arriverà e sarà usufruibile da tutti tanto meglio ma è impossibile che un ricercatore dica che il 21 luglio 2025 mettono in commercio la cura.
la ricerca fa grossi passi avanti e la qualità di vita oggi è molto migliorata.
questo per dire che voler sapere una data a tutti i costi potrebbe produrre effetti negativi psicologici, godiamoci bene la vita ora che noi, generazione haart, possiamo farlo al pari dei sieroneg.



Mangaaa
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Re: CRISPR/Cas9: distruggere il gene CCR5 o l’HIV DNA integr

Messaggio da Mangaaa » domenica 18 giugno 2017, 10:04

Beato te se ci riesci



Mr_T
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Re: CRISPR/Cas9: distruggere il gene CCR5 o l’HIV DNA integr

Messaggio da Mr_T » domenica 18 giugno 2017, 10:15

ma vedi che non è che ogni giorno sono ricchi premi e cotillon la vita scorre come sempre davanti a te.
stare lì a pensare in quale giorno di chissà quale anno uscirà la cura ti riduce piano piano una larva (senza volere essere minimamente offensivo). e se poi dopo tutta una vita (certamente lunga) non riesci a beccare una cura e ti rendi conto di aver focalizzato la tua attenzione su un punto sbagliato tralasciando magari altre cose più importanti? non sarebbe peggio???!!
leggi appprofondisci critica magari creati anche delle apsettative ma non cosiderarle certezze che poi non ne vieni più fuori



Dora
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Re: CRISPR/Cas9: distruggere il gene CCR5 o l’HIV DNA integr

Messaggio da Dora » domenica 18 giugno 2017, 10:23

Mangaaa ha scritto:
Dora ha scritto:
Mangaaa ha scritto:Appunto mi sembrava strano, ma allora una volta concluso nel 2021 e se fosse positivo, uno studio di questo tipo che risvolto avrebbe per noi sieropositivi?
Cerca di capire una cosa: stiamo parlando di terapia genica fatta con una tecnologia che pochissime volte è stata sperimentata sull'uomo e che anche sugli animali non è stata testata che da un paio d'anni.
Si dovrà vedere se:

- i partecipanti al trial sopravvivono al trapianto
- sopravvivono al cancro
- le staminali modificate e trapiantate attecchiscono e si differenziano creando un sistema immunitario nuovo e funzionante
- la ripresa immunitaria è decente
- le cellule modificate sono davvero resistenti al virus
- le cellule modificate sono così numerose da sostituire quelle che non sono state modificate
- il virus rimasto non è così carogna da modificarsi in modo da usare il corecettore CXCR4 invece del CCR5
- una volta sospesa la ART perché i CD4 sono alti e la viremia e il provirus non sono rilevabili, non si scopre che c'era qualche reservoir nascosto chissà dove che ricomincia a produrre virus
- alla lunga le modificazioni geniche introdotte nelle staminali non causano nuovi problemi a causa di non desiderati effetti off target (tipo leucemie, ad esempio, perché sono stati distrutti geni che proteggono dal cancro insieme al gene che codifica per il CCR5, o altri errori difficili da prevedere a priori)
...

Se tutto andrà bene (e capisci anche tu che i "se" sono tanti e pesanti) allora si sperimenterà la stessa cosa su un maggior numero di persone che comunque avrebbero bisogno di un trapianto.
Se tutto continuerà ad andare bene, allora si proverà a fare un trapianto a persone che non ne avrebbero bisogno, perché hanno "solo" l'HIV.
Poi si vedrà: si dovrà essere capaci di rendere questa tecnologia così sicura, conveniente e scalabile da poterla proporre come cura per tutti.
Quindi se tutti i se e tutti i ma andassero bene si parla comunque di qualcosa come non meno di 13 anni circa?
Non capisco da che tipo di calcoli tu ipotizzi 13 anni. Il follow up per le persone che ricevono cellule geneticamente modificate è di almeno 10, se non 15 o 20 anni. Ma non è proprio questo il tipo di trial su cui azzardare previsioni, dal momento che l'aspettativa di vita delle persone coinvolte è ridotta drasticamente dalla gravità del problema ematologico.

Secondo me - e questo vale in generale per la ricerca di una cura - non ha comunque senso fare previsioni sui tempi, proprio per la grande quantità di variabili che sono in gioco. Inoltre, ogni volta che qualcuno le ha fatte, le ha sbagliate, quindi non foss'altro che per scaramanzia io non azzarderei un pronostico.

Per il resto, sono d'accordo con tutto quello che ti ha detto Mr_T, che mi sembra esprimere un atteggiamento molto equilibrato e saggio.



Blast
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Re: CRISPR/Cas9: distruggere il gene CCR5 o l’HIV DNA integr

Messaggio da Blast » domenica 18 giugno 2017, 11:02

Manga, questo studio non è mirato alla ricerca di una cura definitiva per l'hiv, ma è un tentativo disperato di provare a salvare gente che ha un tumore e anche l'hiv, e che poco c'entra con una cura definitiva, se non che possano essere tratte informazioni molto interessanti sulle dinamiche della risposta immunitaria e dei reservoir.
Tra l'altro, anche se lo studio desse ottimi risultati, ad oggi, pensare di modificare geneticamente in vitro le cellule di 40 milioni di persone sieropositive al mondo per poi reimpiatarle è infattibile. Io concentrerei l'attenzione più su quali informazioni utili possono essere ricavate da questo studio ai fini di una possibile futura cura, piuttosto che sulla speranza di una cura definitiva al termine dello studio.


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Dora
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Re: CRISPR/Cas9: distruggere il gene CCR5 o l’HIV DNA integr

Messaggio da Dora » mercoledì 21 giugno 2017, 17:48

Dora ha scritto:C'è poi la questione delle CRISPR. Fino a un paio di settimane fa, pareva che questo strumento di editing genetico fosse destinato a una marcia trionfale verso gli studi clinici. Poi è uscita una lettera su Nature Methods - Unexpected mutations after CRISPR-Cas9 editing in vivo - che è stata una doccia fredda per tutti: un gruppo di studiosi di Stanford e della Columbia sostengono che, se si vanno a studiare in modo più dettagliato di quanto fatto finora gli effetti off target delle CRISPR, sequenziando l'intero genoma e non solo dei pezzettini come è stato fatto fino adesso, si scopre che queste possono causare centinaia di mutazioni nel genoma. Mutazioni che non vogliamo e che non sappiamo se siano innocue o potenzialmente pericolose. Loro hanno lavorato sui topi, ma non c'è ragione di ritenere che nell'uomo le cose vadano diversamente.
Le reazioni della comunità scientifica sono state immediate e comprensibilmente preoccupate. Naturalmente le compagnie che producono i kit e li vendono ai laboratori di tutto il mondo (e le cui azioni sono crollate il giorno dopo la pubblicazione dell'articolo) dicono che the conclusions drawn from this study are unsubstantiated by the disclosed experiments e chiedono la ritrattazione dell'articolo.
Aspettiamo di vedere che accade.
E quel che accade, accade molto in fretta: Nature Methods risponde alle proteste delle compagnie che vendono i kit delle CRISPR pubblicando una nota di preoccupazione, che viene poi diffusa da Antonio Regalado, che segue tutte le vicende legate a CRISPR per Technology Review e aveva raccolto lo sconcerto di ricercatori e compagnie un paio di settimane fa.

Immagine

Retraction Watch riprende il tweet e intervista alcuni dei critici del lavoro incriminato.
Le critiche sembrano serie: non sono tanto i dati ad essere sbagliati, quanto l'impostazione stessa del lavoro - the experiment was not designed to support the question they were asking, dice George Church, il genetista di Harvard che non è solo uno degli scienziati più famosi di questi decenni, ma è co-fondatore di Editas, una delle società che riforniscono di CRISPR i laboratori di tutto il mondo.
I controlli sono stati scelti male, geneticamente troppo lontani dai topi crisprizzati, così che non si può sapere se le variazioni genetiche osservate dipendono davvero dall'editing operato dalle CRISPR. E poi i topi studiati sono stati soltanto 2 più un controllo.
D'altra parte, vista la quantità immane di denaro che è in gioco, è anche facile pensare che le critiche siano molto interessate.

È stata comunque aperta un'inchiesta interna a Nature e ci sono dei gruppi di ricerca che stanno rifacendo il lavoro di Schaefer et al. Se anche non si arriverà a una ritrattazione dell'articolo, la sua sorte sembra appesa a un filo.



Blast
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Re: CRISPR/Cas9: distruggere il gene CCR5 o l’HIV DNA integr

Messaggio da Blast » mercoledì 21 giugno 2017, 18:02

Si tornerà ai classici knock-out o al caro vecchio RNA interference :lol:


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Re: CRISPR/Cas9: distruggere il gene CCR5 o l’HIV DNA integr

Messaggio da Dora » mercoledì 21 giugno 2017, 18:05

Blast ha scritto:Si tornerà ai classici knock-out o al caro vecchio RNA interference :lol:
No, la mia sfera di cristallo dice che vincerà la potenza di CRISPR.

(Ai cinesi che stanno trapiantando staminali crisprizzate in persone con HIV + tumore ematologico di queste possibili mutazioni inintenzionali non importa una cippa - dice sempre la mia sfera di cristallo)



Blast
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Re: CRISPR/Cas9: distruggere il gene CCR5 o l’HIV DNA integr

Messaggio da Blast » mercoledì 21 giugno 2017, 18:26

Ma poi ci si aspettava il Nobel nel 2016 a CRISPR/Cas9, che invece è poi andato a quella dannata autofagia che ora infilano dovunque. Spero risolvano presto la questione, altrimenti quest'anno niente Nobel per CRISPR.


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Re: CRISPR/Cas9: distruggere il gene CCR5 o l’HIV DNA integr

Messaggio da Dora » lunedì 10 luglio 2017, 7:40

Dora ha scritto:È stata comunque aperta un'inchiesta interna a Nature e ci sono dei gruppi di ricerca che stanno rifacendo il lavoro di Schaefer et al. Se anche non si arriverà a una ritrattazione dell'articolo, la sua sorte sembra appesa a un filo.
Ricercatori di Harvard e MIT hanno messo online su bioRxiv una critica al lavoro di Schaefer e colleghi che, se non ha ancora passato la peer review, la passerà comunque presto e darà una spinta fortissima alla ritrattazione dell'articolo da parte di Nature Methods: “Unexpected mutations after CRISPR-Cas9 editing in vivo” are most likely pre-existing sequence variants and not nuclease-induced mutations.

Immagine

In breve, Lareau et al. mostrano come i due topi su cui si è basato tutto il lavoro di Schaefer et al., quelli sottoposti a editing genetico mediante CRISPR, erano geneticamente più vicini l'uno all'altro di quanto lo fossero al topo usato come controllo (in effetti erano geneticamente identici). Questo implica che la ragione per cui quei due topi avevano delle mutazioni che il terzo topo non aveva sia che quelle mutazioni erano preesistenti al trattamento con CRISPR.
Inoltre, quelle pretese mutazioni off target sono in posizioni tali per cui è impossibile pensare che siano state causate dalle CRISPR.
Pertanto, i ricercatori di Harvard e MIT chiedono a Schaefer e colleghi di rivedere le conclusioni del loro articolo, "così da evitare di lasciare che affermazioni fuorvianti e prive di supporto rimangano in letteratura".

Credo che con questo articolo si arriverà a una rapida ritrattazione del lavoro di Schaefer.

A margine, una riflessione: se la comunità scientifica si fosse mossa con altrettanta rapidità contro l'articolo sul Lancet in cui Andrew Wakefield stabiliva la falsa correlazione fra vaccini e autismo e questo avesse indotto la rivista a ritrattare subito quel lavoro truffaldino e non con 12 anni di ritardo, oggi il movimento antivaccini sarebbe altrettanto forte?
E, più in piccolo, se la comunità scientifica avesse preteso l'immediata ritrattazione degli articoli in cui Yamamoto sosteneva di avere "curato" il cancro ed "eradicato" l'HIV con GcMAF, la truffa del GcMAF e tutto quel che ne è derivato avrebbe potuto allargarsi tanto?
Insomma, da un lato abbiamo un sistema della peer review che fa acqua perfino in riviste di valore. Ma dall'altro abbiamo anche una comunità scientifica molto lenta a reagire, miope, spesso distratta, e che riceve poco aiuto dal resto della società (attivisti in testa).
Spero che la potenza di CRISPR, cui giustamente nessuno è disposto a rinunciare, serva anche a dare una spinta verso una seria revisione della peer review, perché anche a quella non possiamo rinunciare.



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