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 Oggetto del messaggio: Re: *Letture per il weekend*
MessaggioInviato: venerdì 26 gennaio 2018, 6:45 
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    26 gennaio 2018

    Continuiamo con le notizie dal fantastico mondo delle CRISPR:

Immagine Sulla MIT Technology Review, la settimana scorsa Emily Mullin raccontava della prima sperimentazione clinica in partenza negli Stati Uniti in cui lo strumento di editing genetico utilizzato saranno le CRISPR - U.S. doctors plan to treat cancer patients using CRISPR.

Immagine Ma la Cina è più avanti, sia perché gli stessi trattamenti possono essere proposti a costi di gran lunga inferiori, come racconta su Bloomberg Shuli Ren - China's Great Leap Into Biotech - sia perché

Immagine China Has Already Gene-Edited 86 People With CRISPR - come spiega su Gizmodo Kristen Brown.

Immagine E allora, per capire a che punto siamo con l'editing genetico via CRISPR nel contrasto ai virus, una review - giustamente cinese - appena pubblicata su Viruses: CRISPR-Cas Targeting of Host Genes as an Antiviral Strategy. La reputazione dell'editore, MDPI, non è propriamente specchiata, ma questo specifico articolo non è un lavoro di ricerca con dati che sarebbero da controllare con attenzione e semplicemente offre una panoramica generale sull'uso di CRISPR/diverse Cas non solo contro HIV, ma contro un gran numero di altri virus.

    Immagine


Immagine "Una ventina d'anni fa l'Africa era considerata una causa persa" - esordisce The End Of AIDS In Africa?, un post di Josh Bloom nel sito dell'American Council of Science and Health. Oggi, invece, le strategie antiretrovirali si sono dimostrate così potenti ed efficaci da aver permesso di fare progressi inimmaginabili. E cita un articolo di Griffins Manguro uscito su The Conversation a fine dicembre, in cui si sintetizzavano i fantastici progressi fatti ad esempio in Kenia: Kenya’s HIV progress report: good progress, but also big gaps.
"No AIDS-related deaths or new infections in Africa by 2030? This would have been science fiction two decades ago. Now it's real. Amazing".

Immagine Ma c'è sempre qualcuno che vuole rovinare la festa. I tarli di oggi sono almeno tre e tutti offrono indicazioni utili per far supporre che la *fine dell'AIDS* per ora sia assai poco verosimile:



Immagine Per non chiudere su note troppo tristi, un bell'intervento di Timothy Brown su AIDS Research and Human Retroviruses: Timothy Ray Brown’s Continuing Activism Toward Curing HIV. Racconta quel che ha fatto negli ultimi anni e spiega quali sono, secondo lui, le maggiori sfide che gli attivisti sul fronte della cura devono affrontare.


Buona lettura e buon weekend!


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 Oggetto del messaggio: Re: *Letture per il weekend*
MessaggioInviato: venerdì 2 febbraio 2018, 7:18 
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    2 febbraio 2018

    Su Retrovirology è appena uscita una review chiarissima dedicata a spiegare alcuni dei concetti che incontriamo in ogni ricerca dedicata alla cura di HIV:

Immagine What do we measure when we measure cell-associated HIV RNA - qui Alexander Pasternak e Ben Berkout ci parlano di HIV RNA associato ai CD4, dell'RNA virale spliced e unspliced, delle differenze fra misurare l'RNA virale associato alle cellule all'inizio dell'infezione o durante la fase cronica, nel sangue periferico o nei tessuti, delle differenze fra provirus intatti o difettivi.

    Immagine

Immagine AIDS Research and Human Retroviruses dedica uno speciale alla ricerca di una cura di HIV. A me questa rivista piace sempre di meno, mi pare abbia notevolmente abbassato i suoi standard di rigore nell'approvazione degli articoli e, da quando ha pubblicato robaccia di Medicina Tradizionale Cinese sponsorizzata dal governo cinese e spacciata come cura funzionale di HIV, la considero una rivista quasi-predona, ma quelle che suggerisco oggi sono review e non articoli di ricerca, quindi direi che il problema di una peer review a livelli di Bangalore o Hyderabad è meno grave.




Immagine Su Positively Aware Karine Dubé e Jeff Taylor scrivono un report sul congresso sui reservoir del dicembre scorso: UPDATE FROM HIV PERSISTENCE 2017. Offre una sintesi molto semplificata di quanto si è visto a Miami, in attesa di quel che vedremo a Boston fra un mese. Il CROI inizia il 4 marzo e fra un paio di settimane cominceremo a parlarne.

Immagine Su imstilljosh Josh Robbins intervista Anthony Fauci, ottenendone l'endorsement più autorevole possibile alla campagna U=U: Fauci: From A Practical Standpoint The Risk Is ZERO.

    Immagine



Buona lettura e buon weekend!


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 Oggetto del messaggio: Re: *Letture per il weekend*
MessaggioInviato: venerdì 16 febbraio 2018, 7:20 
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    16 febbraio 2018

    Su BioMed Research International un gruppo di ricercatori soprattutto spagnoli (ma c'è anche, molto opportunamente, l'italiano Giovanni Guaraldi) ha dedicato una review alla gestione delle questioni cliniche dell'invecchiamento delle persone con HIV:

Immagine Aging in HIV-Infected Subjects: A New Scenario and a New View è un lavoro in cui, preso atto di una tendenza al progressivo invecchiamento della popolazione con HIV e delle sfide e delle necessità che l'aumentare dell'età sempre più di sovente pone in questa popolazione, si propone un primo abbozzo di linee guida su come affrontare queste sfide dal punto di vista clinico.

    Immagine

Immagine Quello dell'invecchiamento è un tema che ha cominciato a porsi quasi un decennio fa e pare ormai essere stato recepito da tutti gli attori sulla scena dell'HIV/AIDS, tanto che a Roma a inizio febbraio, sulla scorta di quanto ormai negli Stati Uniti avviene da diversi anni, si è tenuto il primo Geriatric HIV Medicine Summit. Ci è arrivata anche la LILA e il suo ufficio stampa ne scrive qualcosa su Lilanews: La prima generazione anziana di persone con HIV: le sfide da affrontare fin da subito.

    Immagine


Immagine Questa settimana, Paula Cannon è stata onorata dalla University of South California con il titolo di Distinguished Professor per i suoi meriti scientifici.

    Immagine

Il tributo a una delle mie scienziate preferite giunge proprio in occasione dell'11 febbraio, l'International Day of Women and Girls in Science, quindi ho pensato di raccogliere per le letture di questa settimana alcuni articoli usciti in questi giorni e dedicati alle scienziate che si occupano di HIV/AIDS. Se infatti le donne, soprattutto quelle delle fasce d'età più giovani e nei Paesi meno fortunati, sono colpite in modo sproporzionato dall'infezione

    Immagine

e se dunque IAVI in WHY WOMEN AND GIRLS NEED AN AIDS VACCINE ci spiega perché siano proprio loro ad avere più disperatamente bisogno di un vaccino, mentre Azucena Bardají sottolinea in Women in Science: the Persisting Gap quanta strada ci sia ancora da fare per un'effettiva parità

    Immagine

sempre più donne si occupano di ricerca e lo fanno in ruoli sempre più importanti.

Immagine Ecco dunque qualche articolo che ce lo racconta, limitandosi alla ricerca su HIV/AIDS:



Buona lettura e buon weekend!


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 Oggetto del messaggio: Re: *Letture per il weekend*
MessaggioInviato: venerdì 23 febbraio 2018, 7:18 
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    23 febbraio 2018

    In queste ultime settimane, Retrovirology ha creato Measuring HIV-1 persistence in vivo, una collezione di review che descrivono vecchi e nuovi metodi per quantificare la persistenza di HIV durante la terapia antiretrovirale. Ne ho scelte tre, che mi sembrano particolarmente belle e utili in preparazione delll'ormai imminente CROI, che anche quest'anno vedrà le questioni connesse alla misurazione del reservoir al centro delle discussioni:

    Immagine

Immagine Beyond the replication-competent HIV reservoir: transcription and translation-competent reservoirs - di Amy Baxter, Una O'Doherty e Daniel Kaufman e dedicata a caratterizzare i reservoir cellulari latenti di HIV in base alla capacità o meno del virus in esso contenuto di replicarsi, è una delle review più belle, chiare, esaustive e meglio scritte che io abbia letto in tantissimi anni.

Immagine Sempre Una O'Doherty, ma questa volta insieme a Marilita Pinzone, scrive una review in cui la misurazione del provirus integrato, pur con tutte le difficoltà connesse ai diversi metodi di misurazione, dimostra di essere non una mera questione di numeri, ma uno strumento per comprendere come i reservoir si formino e si mantengano: Measuring integrated HIV DNA ex vivo and in vitro provides insights about how reservoirs are formed and maintained.

Immagine A spiegarci come la misurazione del DNA virale capace di replicarsi sia fondamentale per permetterci di capire la natura del reservoir, Robert Siliciano, due suoi allievi e Francesco Simonetti scrivono Measuring replication competent HIV-1: advances and challenges in defining the latent reservoir.


Immagine Con il numero di marzo, The Lancet Infectious Diseases celebra il traguardo dei 200 numeri. Lo fa con delle schede cronologiche molto interessanti; e lo fa pubblicando diversi articoli. Ne ho scelti due che, oltre ad essere in open access, hanno per argomento dei temi che saranno centrali al prossimo CROI: la tubercolosi e la trasmissione di varianti di HIV resistenti agli NNRTI:



Immagine Nelle Letture di qualche mese fa è capitato che scrivessi di biohacker, perché uno stupidino si era autosomministrato una terapia genica mai sperimentata prima con la speranza di guarire dall'HIV, ma i risultati non erano stati quelli desiderati. Le cose in questi mesi sono andate avanti con articoli, prese di posizione da parte di medici e scienziati e dell'FDA, nuovi happenings artistici ...

    Immagine

Un biohacker che abbiamo già incontrato a novembre, Josiah Zayner, sembra cominciare ad avere dei ripensamenti e questa è la sua intervista, uscita su The Atlantic tre giorni fa: A Biohacker Regrets Publicly Injecting Himself With CRISPR.



Buona lettura e buon weekend!


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 Oggetto del messaggio: Re: *Letture per il weekend*
MessaggioInviato: venerdì 2 marzo 2018, 6:33 
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    2 marzo 2018

    In preparazione del CROI 2018, qualche post delle edizioni passate relativo alle presentazioni molto generali sulla ricerca di una cura e sulle questioni patogenetiche tenute nei workshop per giovani ricercatori, in cui sono trattati i temi principali discussi anno per anno al congresso (e si intuisce la storia della ricerca di questi ultimi anni):

    Immagine

Immagine [CROI 2012]J.Mellors_Reservoirs & cure research (TRAPIANTI)

Immagine [CROI 2013]M.Stevenson: Reservoir, persistenza virale e cura

Immagine [CROI 2013]G.Silvestri: Nuova comprensione della patogenesi

Immagine [CROI 2014] La ricerca di una cura

Immagine [CROI 2014] Patogenesi e infiammazione

Immagine [CROI 2015] J. Coffin: Ricerca di una cura dell’HIV

Immagine [CROI 2015]Silvestri: Modelli animali per prevenzione e cura

Immagine [CROI 2016] H. Günthard: Ostacoli e strategie di cura

Immagine [CROI 2016] R.Koup: Immunologia e vaccini

Immagine [CROI 2017] N.Chomont_I reservoir di HIV

Immagine [CROI 2017] J.CURRIER_Le complicanze: ancora una minaccia?

Immagine [CROI 2017] R.KOUP_Progressi nella ricerca sugli anticorpi



Buona lettura e buon weekend!


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 Oggetto del messaggio: Re: *Letture per il weekend*
MessaggioInviato: venerdì 9 marzo 2018, 7:32 
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    9 marzo 2018

    Per chi se le fosse perse in settimana, alcune letture dal CROI 2018:

    Immagine

Immagine La combinazione del bNAb PGT121 e dell'agonista del TLR7 GS-9620 aumenta in modo significativo i tempi di rebound e diminuisce il livello delle viremie in un gruppo di macachi

Immagine Günthard: progressi nella cura di HIV

Immagine Trkola: progressi in immunologia

Immagine Dosaggi giornalieri multipli molto bassi di MK-8591 dovrebbero essere in grado di sopprimere la viremia di HIV

Immagine Nella decennale disputa sulla replicazione virale attiva durante la ART, 2 a 0 per chi dice che non c'è (to be continued ...)

Immagine La débâcle del CD32, parte seconda

EDIT: Immagine Presentati i risultati del trial clinico di fase I sul superagonsta dell'IL-15 ALT-803 contro il reservoir latente di HIV


Buona lettura e buon weekend!


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 Oggetto del messaggio: Re: *Letture per il weekend*
MessaggioInviato: venerdì 13 aprile 2018, 5:39 
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    13 aprile 2018

    Riprendono - non so se in modo stabile o no, perché dipendono in parte dalla mia voglia, ma molto anche dalla disponibilità di articoli - le *Letture per il weekend*. E riprendono con un invito molto, molto accorato ad essere oche, capre o somari, quel che volete, ma non boccaloni di fronte alle notizie in campo medico urlate dalla stampa e a ricordarvi di usare sempre una buona dose di scetticismo quando leggete di ricerche definite a major breakthrough destinato a rivoluzionare il suo campo, specie se fatte su cellule. Questo non significa essere disfattisti, pensare che la medicina è un inferno di corruzione, gli scienziati sono tutti cretini o asserviti a qualche Potere Forte e solo uno yoghurt ci salverà.
    Immagine Significa essere consapevoli dell'immane quantità di stupidaggini pubblicate dai giornali e imparare a valutare le proprie fonti. Immagine

    Immagine

Da qualche tempo, ho smesso di aggiornare il nostro Osservatorio Stampa - il professor Caruso pare essersi dato finalmente pace e aver smesso di ricevere dalle mani del Ministro della Salute premi per *aver scoperto il vaccino contro l'AIDS*, alcuni passi falsi della stampa (imbeccata dai ricercatori, eh?) sono stati segnalati nei thread di ricerche che stiamo seguendo singolarmente per avere insieme tutte le informazioni che servono per valutare quei lavori, di articoli da far fare salti sulla sedia ne ho visti pochi. La spinta a continuare quel tipo di lavoro si era un po' esaurita.

Ma basta distrarsi un attimo e ti ritrovi che persone attive nell'Osservatorio Stampa cascano a piedi uniti nell'hype dell'interstizio, il presunto nuovo organo magicamente comparso nel corpo umano che potrebbe spiegare i misteri del *funzionamento* dell'agopuntura.
Oppure leggi ne Il Sussidiario (sì, non esattamente una fonte autorevole), che l'hypericum scruglii potrebbe essere alla base di una scoperta incredibile in grado di affrontare una malattia che ha terrorizzato il mondo, che [t]ra le più grandi sorprese che la ricerca c'ha riservato nell'ultimo periodo c'è quella che dato luce [sic] alla Sardegna e che l'Università di Cagliari potrebbe essere di fronte a una scoperta in grado di rivoluzionare la medicina mondiale. BUM!

E allora capisci che se non continui a martellare su certe cose perdi le posizioni faticosamente raggiunte.

Immagine Questa settimana, quindi, parliamo di terapia genica e vediamo qualche recente articolo che cerca di riportare tutti con i piedi per terra. L'argomento è uno dei più caldi della ricerca biomedica (e non solo), tanto che “The CRISPR era” è al centro del bel congresso su scienza e democrazia che l'Associazione Luca Coscioni sta tenendo in questi giorni al Parlamento Europeo: sono disponibili le slides dell'intervento di Toni Cathomen, University of Freiburg Institute for Transfusion Medicine and Gene Therapy, che offrono una panoramica senza sbrodolature - Therapeutic Genome Editing with CRISPR-Cas and other programmable gene scissors.

Immagine Partiamo da THE CODE - a three-part video series investigating the roots of today’s most promising genetic technologies - uscito su STAT a inizio aprile, il testo di Sharon Begley introduce tre video, di meno di un quarto d'ora ciascuno, dedicati a tre aspetti della terapia genica che hanno ricevuto in questi anni una copertura mediatica particolarmente urlata: il sequenziamento del genoma umano come via per risolvere tutte le malattie, e quindi i test genetici come strumento per predire infallibilmente quali malattie svilupperemo nella vita (già che ci siete, date un'occhiata anche a questo articolo di Antonio Regalado, uscito qualche giorno fa sulla MIT Technology Review: DNA tests for IQ are coming, but it might not be smart to take one); la precisa attribuzione a un gene di una determinata malattia; l'editing genetico mediante CRISPR:

    Those who do not remember the past are doomed to repeat it. And those who do not remember the sometimes irrational exuberance around past advances in biomedicine may be doomed to buy into the hype around today’s. From curing Alzheimer’s and Parkinson’s to eliminating cancer deaths, no goal has been too ambitious for the best minds in medicine to claim is within reach thanks to the latest scientific discovery.

Immagine Abbiamo visto un paio di settimane fa che lo studio dei ricercatori di Stanford che segnalava moltissime mutazioni non volute in topi trattati con CRISPR/Cas9 non soltanto è stato smentito dai suoi stessi autori, ma è anche stato ritrattato dalla rivista che l'aveva pubblicato l'anno scorso. Un sospiro di sollievo: nessuno vuole una leucemia in cambio della cura - solo per fare un esempio - dell'infezione da HIV, giusto?
Ma quanto siamo sicuri che le CRISPR siano lo strumento efficace e docile che abbiamo iniziato a conoscere? Quanto siamo sicuri che non causino effetti off target? Non tantissimo, stando a quanto racconta Megan Molteni su Wired: A FLAWED STUDY SHOWS HOW LITTLE WE UNDERSTAND CRISPR'S EFFECTS.

Immagine E che cosa sappiamo degli effetti delle CRISPR nei modelli animali? È sufficiente, quel che sappiamo, per farci guardare con assoluta tranquillità all'inizio imminente delle sperimentazioni sull'uomo? Mah ... forse è meglio andarci cauti - ci dice Emily Mullin sulla Technology Review del Massachusets Institute of Technology: CRISPR trials are about to begin in people—but we still don’t know how well it works in monkeys.

Non è disfattismo, né luddismo. Nessuna di queste autrici dice di abbandonare la terapia genica perché fa schifo, o è pericolosa, o esiste solo per far guadagnare miliardi a qualche rapace pharma. Soltanto, ci ricordano che una cosa è la ricerca e tutt'altra cosa sono gli hype con cui la stampa quotidianamente nutre intossica le nostre menti.
Ad esempio, Bill Gates, su Foreign Affairs di martedì scorso, scriveva di Gene Editing for Good - How CRISPR Could Transform Global Development. Ma lui ha un dovere istituzionale a guardare lontano, invece i giornalisti dovrebbero essere capaci di darsi un contegno, così da potersi semplicemente guardare allo specchio.

Segnalatemi quel che vedete adatto all'Osservatorio Stampa, mentre aspettiamo di vedere il prossimo articolo di Kamel Khalili et al sulle CRISPR e la cura di HIV, per favore.



Buona lettura e buon weekend!


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 Oggetto del messaggio: Re: *Letture per il weekend*
MessaggioInviato: venerdì 13 aprile 2018, 7:19 
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Questo tipo di approccio è quello che trovo maggiormente affascinante ma che mi spaventa di più, sicuramente avrò un sacco di domande :D

Grazie cara come sempre! Spero che questi approfondimenti continuino (anche se capisco la fatica dietro) magari con nessuna periodicità ma giusto quando hai più tempo e voglia!

Per me rappresentano davvero una guida!


Ti abbraccio e ringrazio nuovamente,

Gabriel

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Una pianificazione attenta non sostituirà mai una bella botta di culo!


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 Oggetto del messaggio: Re: *Letture per il weekend*
MessaggioInviato: sabato 14 aprile 2018, 6:09 
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Gabriel81 ha scritto:
Grazie cara come sempre! Spero che questi approfondimenti continuino (anche se capisco la fatica dietro) magari con nessuna periodicità ma giusto quando hai più tempo e voglia!

Per me rappresentano davvero una guida!


Ti abbraccio e ringrazio nuovamente,

Gabriel

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Dora ha scritto:
(già che ci siete, date un'occhiata anche a questo articolo di Antonio Regalado, uscito qualche giorno fa sulla MIT Technology Review: DNA tests for IQ are coming, but it might not be smart to take one)

Lettura di approfondimento:
ieri l'Oca Sapiens - che è una vera Oca Molto Sapiens e non la sciacquetta che starnazza in queste pagine cercando di darsi un tono - ha dedicato un intero post a Il test del DNA per il quoziente d'intelligenza. Spiega molte cose che non tornano nella mania dei test genetici sull'intelligenza, fornendo così un contesto all'articolo di Regalado, che io avevo soltanto buttato lì.


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 Oggetto del messaggio: Re: *Letture per il weekend*
MessaggioInviato: venerdì 20 aprile 2018, 5:57 
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    20 aprile 2018

    Letture tanto frettolose quanto corpose, questo weekend:

Immagine Finanziato dalla Gates Foundation, è uscito su The Lancet un imponente lavoro del Global Burden of Disease Health Financing Collaborator Network (256 ricercatori in 63 Paesi), la prima analisi complessiva sui finanziamenti devoluti a prevenzione e trattamento dell'HIV/AIDS nel lungo periodo: Spending on health and HIV/AIDS: domestic health spending and development assistance in 188 countries, 1995–2015 - come sintetizza nel suo comunicato stampa l'Institute for Health Metrics and Evaluation (IHME), più di mezzo trilione di dollari è stato speso nei 16 anni fra 2000 e 2015, per la precisione 562,6 miliardi, con un picco nel 2013 di quasi 50 miliardi.
Qui la possibilità di visualizzare i dati in modo interattivo: Financing Global Health | Viz Hub.

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Immagine Sull'Infectious Disease Advisor Christina Logiudice parla di antiretrovirali generici e del loro effetto sulla spesa per il trattamento dell'HIV/AIDS a partire dall'introduzione della didanosina generica a fine 2004: Generic HIV Medicines: Boon or Bust?


Immagine Non so se seguiate le accese discussioni che si stanno svolgendo in Italia nell'ultimo anno su come si deve o non si deve comunicare la scienza al grande pubblico. È un problema assolutamente non accademico, reso molto serio dalle sue ricadute politiche, non solo nel senso di politiche educative, ma per l'influenza che l'ignoranza delle scienze ha sulle scelte personali e politiche dei cittadini e di chi li governa. Io credo ci sia spazio per stili comunicativi anche assai diversi in funzione della sezione di opinione pubblica cui ci si rivolge e delle preferenze comunicative di chi la scienza la divulga e che il problema principale sia affrontato da chi parla di scienza su un social come Facebook, che appiattisce tutto e in cui effettivamente pare più facile che si formino bolle comunicative e camere dell'eco, mentre in altre sedi sia possibile affrontare la divulgazione in modo più profondo e meditato. Al momento, tuttavia, sembrano esserci due fazioni l'una contro l'altra armate, e sembrano prevalere visioni semplificate e ingessate, molto ideologiche, di che cosa è la scienza e di che cosa è la comunicazione scientifica. Inoltre, si tende a non approfondire troppo il danno enorme alla chiarezza e correttezza della comunicazione fatto dalla stampa ogni volta che pubblica notizie urlate e amplificate sulle ricerche in campo biomedico.
Ma è bene che si discuta e ci si confronti, nell'attesa che arrivino tempi meno ideologici.

Un articolo uscito sul Foglio a firma di Enrico Cicchetti la settimana scorsa permette ai fautori dell'approccio morbido di argomentare le loro posizioni: La scienza per dummies dev'essere per forza urlata?





Immagine Se la questione delle echo chambers e della polarizzazione dell'opinione pubblica affascina voi quanto affascina me, l'articolo da leggere questo fine settimana è: Filter Bubbles, Echo Chambers, and Online News Consumption - uscita circa un mese fa sul Public Opinion Quarterly, questa indagine di ricercatori di Oxford sembra un po' smontare il panico diffuso in questi anni dalle terrificanti bolle in cui tutti ci rinchiuderemmo per stare solo con chi la pensa come noi ed escludere il mondo là fuori. La BBC apprezza lo sforzo: The myth of the online echo chambers. E pure Steven Novella: The Real Problem with Echochambers. Sembra che siamo meno settari di quanto temessimo. Un po'.

    Immagine


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