UNA CRITICA PUNGENTE E UNA PROTEINA FANTASMA
Qualche giorno fa, è stato pubblicato su PubPeer un commento di critica all'articolo di Picker su Nature del 2013 - il lavoro in cui si parla dell'eradicazione dell'SIV da alcuni macachi vaccinati con il vaccino basato sull'RhCMV (Immune clearance of highly pathogenic SIV infection).
Il commento è anonimo, come è generalmente accettabile in Rete e come è stabilito per policy da PubPeer, che è una piattaforma nata nel 2013 per favorire la critica pubblica di lavori scientifici, una sorta di peer review dopo la pubblicazione. L’anonimato fa sì che non si possano accusare gli autori di essere a priori nemici di Picker, di essere dei concorrenti che cercano di danneggiarlo per ragioni accademiche o economiche, o degli ignoranti che non sanno quello che dicono. E impone che le critiche che vengono mosse debbano essere prese per quello che sono, indipendentemente da chi le fa, e non possano essere rimandate al mittente senza una risposta.
E queste critiche appaiono serie, ben argomentate e potenzialmente gravi.
Una rilettura dell’articolo del 2013 ha infatti portato gli autori del commento ad affermare che i dati presentati e le analisi statistiche elaborate su quei dati non sono consistenti. In particolare,
- 1. sono stati fatti dei pasticci fra il numero degli animali non vaccinati che si sono infettati (non tutti si sono infettati, ma 9 su 16) e il numero degli animali che sono stati usati per confrontarli con le scimmie vaccinate, perché sono stati tenuti come controlli solo i macachi non vaccinati che hanno sviluppato l’infezione;
2. le scimmie che sono state vaccinate hanno ricevuto meno dosi di virus SIVmac239 nel tentativo di infettarle rispetto alle scimmie che non sono state vaccinate (Picker e colleghi hanno infatti smesso di iniettare loro del virus quando hanno rilevato nel plasma un SIV RNA ≥30 copie). Questo ha comportato che avessero meno probabilità di infettarsi e di sviluppare un’infezione produttiva, quindi questo da solo basta a spiegare l’apparente protezione data dal vaccino;
3. l’infezione è stata valutata misurando la viremia mediante una PCR che andava ad amplificare la Gag dell’SIV. Ma la PCR potrebbe invece avere amplificato proteine virali contenute nel vaccino, che contiene un ceppo di SIV sì attenuato, ma vivo, per di più con un vettore come il CMV che è persistente. In sostanza, misurare così la viremia non permetterebbe di capire se davvero si è instaurata un’infezione produttiva o se invece la Gag che si trova è soltanto quella espressa dal vettore, che dà solo una transitoria apparenza di infezione;
4. rivedendo l’analisi statistica, gli autori del commento ne concludono che la vaccinazione con RhCMV- SIV non abbia dato nessuna protezione statisticamente significativa contro l’infezione (né per via vaginale, né per via intravenosa). L’assenza di un’immunità parziale, cioè il fatto che, a differenza di altri vaccini, questo abbia dato una protezione completa a circa la metà degli animali vaccinati e nessuna protezione agli altri, era stata considerata un aspetto misterioso; ma la spiegazione data dai critici di Picker è che circa la metà dei macachi vaccinati hanno sviluppato un’infezione cronica senza alcuna riduzione del set point delle viremie, mentre l’altra metà sono stati esposti a troppe poche dosi di virus perché, a seguito di transitori blip della Gag dell’SIV – che erano in realtà artefatti della PCR – Picker e colleghi hanno smesso di provare a infettarli.
Gli autori del commento ritengono dunque che sia necessaria una rivalutazione indipendente di questo approccio vaccinale, in uno studio in cieco, in cui tutti gli animali vaccinati e non vaccinati ricevano le stesse dosi di SIVmac239.
Una critica potenzialmente devastante.
Io temo che sui pasticci statistici e metodologici rilevati ci sia poco da dire.
Sulla valutazione delle infezioni, invece, sul fatto che le infezioni in quei macachi vaccinati e che poi hanno eradicato il virus si siano davvero instaurate immagino che Picker avrà da dire moltissimo.
Un aspetto fondamentale sia di questo lavoro del 2013, sia della prima parte della ricerca, pubblicata sempre su Nature ma nel 2011, è stata infatti la rilevazione e l'analisi delle risposte anti-Vif. La Vif è una proteina dell’SIV (e HIV) che non era presente nel vaccino: c’erano la Gag, la Rev, la Tat, la Nef, la Env e la Pol. Ma la Vif no, quella non c’era.
Eppure le risposte a quella proteina assente dal vettore sono state rilevate in tutte le scimmie, e poi sono scomparse quando anche il virus è scomparso.
Picker e colleghi hanno considerato lo sviluppo di risposte dei linfociti T contro la Vif dell’SIV come la conferma che le scimmie si erano infettate.
Una specie di controprova: se il virus non ci fosse stato, come si sarebbero potute avere delle risposte contro una proteina fantasma?
La parte del commento su PubPeer dedicata alla presenza di risposte anti-Vif è, a mio parere, quella più debole di una critica in altri passi puntigliosa ai limiti della pedanteria, perché viene semplicemente rilevato che non conosciamo la frequenza di linfociti T anti-Vif prima che alle scimmie venisse inoculato il virus e sono state osservate fino allo 0,03% di cellule Vif-specifiche in scimmie SIV negative.
Insomma, anche questa potrebbe essere una amplificazione degli strumenti di misura.
Un'illusione, il fantasma di un'infezione.
Per quello che io riesco a capire, però, i picchi di risposte anti-Vif misurati da Picker vanno ben oltre lo 0,03%. Ma a questo punto è a Picker che spetta dare una risposta.
Assistendo alla farsa del vaccino Tat, abbiamo avuto modo di osservare quanto antiscientifico, stupido, pericoloso e, in definitiva, autodistruttivo possa essere l’atteggiamento di quei ricercatori che non rispondono alle contestazioni sulle loro ricerche, ritenendosi forse immuni dalle critiche dei colleghi e perferendo rifugiarsi nella paranoia del complotto piuttosto che ammettere di avere sbagliato qualcosa - o anche moltissimo.
Io mi auguro che Picker non sia la Ensoli. Che non si nasconda dietro il dito della sua fama e risponda al più presto, fugando completamente il sospetto di incompetenza che questi critici hanno lanciato su di lui.
