Sono presenti a prescindere.
La situazione è complessa proprio perché la complessità è un vantaggio evolutivo:
supponiamo che il Complesso Maggiore di Istocompatibità sia costituito da uno e un solo HLA. Tutto il meccanismo immunitario per distinguere il
self dal
non self dipenderebbe da lui.
Cioè la capacità dei leucociti nel distinguere le proteine proprie (
self) dalle proteine aliene (
non self) che costituiscono le membrane cellulari e virali di batteri, funghi e virus dipenderebbero da un solo e singolo tratto di DNA nel nostro codice genetico.
La capacità di distinguere i patogeni, di distinguere le minacce esterne dalle cellule umane stesse è il meccanismo più importante del sistema immunitario.
Ora supponiamo che venga fuori un batterio o un virus con una nuova mutazione capace di eludere tale meccanismo.
Se l'HLA fosse uguale in tutta l'umanità, di colpo tutta l'umanità si estinguerebbe.
Invece, quando esce una nuova mutazione letale (esempio, la grande peste nera di fine 1200, oppure la spagnola del 1919), se gli esseri umani hanno sequenze genetiche differenti e quindi sistemi immunitari che si comportano in modo differente per il meccanismo più importante di tutti (il riconoscimento dei patogeni), assieme ad individui che moriranno ce ne saranno altri che riusciranno a superare il contagio e altri ancora che non si ammalano affatto.
È talmente importante che, mentre quasi tutto il resto delle funzioni dell'organismo è regolato da una coppia di alleli (di sequenze genetiche), il Complesso Maggiore di Istocompatibità ne è caratterizzato da SEI. Poiché ci sono dai 100 ai 150 alleli in natura (sebbene alcuni più ricorrenti di altri e non in posizioni intercambiabili), virtualmente ogni essere umano ha un sistema immunitario un po' differente dall'altro (gemelli omozigoti a parte).
Lo svantaggio più noto di questa codifica a sei sequenze genetiche è che è molto difficile trovare un donatore di organi pienamente compatibile: la probabilità che tutti gli HLA corrispondano da un essere umano all'altro è bassissima (si potranno trovare donatori compatibili su 3, 4, forse 5 ma su tutte le 6 sequenze di HLA, HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DR, HLA-DQ e HLA-DP, dovresti trovare un gemello come donatore), pertanto i leucociti finirebbero per trattare come
non self anche le cellule dell'organo trapiantato, a meno di utilizzare immunosoppressori altamente selettivi.